Si incluyes videos que son más pequeños que la secuencia debes tener en cuenta que siempre vas a perder calidad si aumentas su tamaño para que coincida con el de la secuencia, en este caso no he encontrado diferencias a la hora de aplicar una u otra opción.
Sin embargo, te recomiendo que uses Ajustar a tamaño de fotograma si después en la edición vas a necesitar volver a realizar un zoom.
Ten siempre en cuenta que en imágenes mas pequeñas que la secuencia cada vez que realices un escalado estarás perdiendo calidad de imagen.